Ab dem Sommer 2017 lief er für den französischen Verein Chambéry Savoie HB auf.[4] Mit Chambéry Savoie gewann er 2019 den französischen Pokal.
Im Sommer 2019 wechselte er zum polnischen Erstligisten Wisła Płock.[5] Mit Płock erreichte er 2020/21 und 2021/22 das Halbfinale der EHF European League. 2022, 2023 und 2024 gewann er den polnischen Pokal sowie 2024 die Meisterschaft. Nach der Saison 2023/2024 verlässt er Wisła Płock. Während seiner fünfjährigen Tätigkeit für die Polen erzielte Niko Mindegia insgesamt 414 Tore – 76 in der Europa League, 65 in der Champions League, elf im polnischen ORLEN-Pokal und 262 in der ORLEN Super League.[6]
Mindegia debütierte in der A-Auswahl am 28. Dezember 2010 gegen Portugal und bestritt bis Januar 2016 insgesamt 23 Länderspiele, in denen er 31 Tore erzielte.[2] Für die spanische Nationalmannschaft stand er im vorläufigen Kader für die Europameisterschaft 2014, wurde aber nicht ins endgültige Aufgebot berufen.[8] An der Europameisterschaft 2016 nahm er teil.[2]