Merlerault-le-Pin liegt etwa 28 Kilometer nordwestlich von Mortagne-au-Perche und etwa 33 Kilometer nordnordöstlich von Alençon im Süden der Région naturelle des Pays d’Auge. Das Gemeindegebiet wird entwässert vom Don, einem Nebenfluss der Orne, der es im Süden abschnittsweise begrenzt, von der Ure, ebenfalls einem Nebenfluss der Orne, die es im Norden auf einem kleinen Abschnitt begrenzt, von der Dieuge, die im Gemeindegebiet entspringt, ferner vom Ruisseau Saint-Martin, vom Ruisseau du Varo, vom Ruisseau de la Genevraie, vom Ruisseau du Bois Guimon und von verschiedenen kleineren Fließgewässern. Das Zentrum liegt auf etwa 210 m Höhe. Das Relief des Ortsgebiets ist hügelig, wobei das Niveau im Nordosten markant ansteigt. Dort wird auch die höchste Erhebung mit 321 m gemessen, die niedrigste im Süden mit 175 m am Austritt des Don aus dem Ortsgebiet.
Teile des Gebiets von Merlerault-le-Pin gehören zu den Natura-2000-Schutzgebieten „Haute vallée de l’Orne et affluents“ (FR2500099) und „Bocages et vergers du sud Pays d’Auge“ (FR2502014).[2]
Umgeben wird Merlerault-le-Pin von den zwölf Nachbargemeinden:
Die Autoroute A 4 „Autoroute du Pique-Prune“ von Abbeville im Département Somme nach Tours durchquert das Gemeindegebiet von Nord nach Süd ohne Anschlussstelle. Die Departementsstraße D 438, die ehemalige Route nationale 138 von Rouen nach Tours, durchquert die Gemeinde, insbesondere das Zentrum von Nonant-le-Pin, von Nord nach Süd. Die Departementsstraße D 926, die ehemalige Route nationale 28 von Verneuil d’Avre et d’Iton (Département Eure nach Argentan, durchquert die Gemeinde, insbesondere die Zentren von Le Merlerault und Nonant-le-Pin, von Ost nach West. Weitere, nachgeordnete Departementsstraßen und lokale Landstraßen verbinden die Ortsteile miteinander und mit Nachbargemeinden.
Busse einer Linie des Transportunternehmens Nomad der Region Normandie halten in Nonant-le-Pin und verbinden die Gemeinde mit Vimoutiers im Norden und Alençon im Süden.[5]
Die Orte Le Merlerault und Nonant-le-Pin besitzen potenzielle Haltepunkte an der Bahnstrecke Paris–Granville, werden jedoch von keinen Zügen angefahren.[6]
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