2000 bis 2008 leitete er am Münchner ifo Institut für Wirtschaftsforschung den Bereich Sozialpolitik und Arbeitsmärkte. 2007 hatte er eine Gastprofessur an der Hitotsubashi-Universität in Tokio. Seit seiner Habilitation im Jahr 2008 ist er Professor für Sozialpolitik und öffentliche Finanzen an der Ruhr-Universität Bochum.
Im Jahr 2021 stellte Martin Werding zusammen mit Johannes Vogel und Christian Dürr auf der Bundespressekonferenz eine Studie zum Konzept der Aktienrente der FDP vor. Diese Studie ist durch Martin Werding und Benjamin Läpple im Auftrag der FDP-Fraktion im deutschen Bundestag entstanden.[4][5]
↑Martin Werding, Benjamin Läpple: Gesetzliche Aktienrente: Übergänge zu einer flächendeckenden Altersvorsorge mit Teilkapitaldeckung. Ruhr-Universität Bochum, Fakultät für Sozialwissenschaft, Lehrstuhl für Sozialpolitik und öffentliche Finanzen, 2021 (fdpbt.de [PDF]).