Für die Ausbildung von Marinepersonal der Kriegsmarine bzgl. Marine-Flak wurde 1941 erst zwei, dann 1943 weitere sechs Marine-Flakschulen eingerichtet.
Die Marine-Flugabwehr- und Küstenartillerieschule (Fla.K.S.) wurde noch zu Friedenszeiten in Wilhelmshaven eingerichtet. Später kam die Schule nach Wilhelmshaven. Im Januar 1941 wurde die Küstenartillerie-Schule ausgegliedert und die Marine-Flugabwehrschule entstand. 1942 erfolgte die Umbenennung in Marine-Flugabwehrschule I. Im September 1943 wurde die Marine-Flugabwehrschule I in die Marine-Flakschule I überführt.
Im September 1943 wurde durch die Umbenennung der Marine-Flugabwehrschule I in Swinemünde die Marine-Flakschule I das erste Mal eingerichtet. Die Unterstellung erfolgte unter die Artillerie-Inspektion. Die Marine-Flakschule I hatte eine Wettkampfgemeinschaft und trat als WKG Marine-Flakschule Swinemünde im Fußball in der Gauliga Pommern an.
Im Oktober 1943 wurde die Schule in sieben selbstständige Marine-Flakschulen geteilt und zugleich der Kommandeur zum Höheren Kommandeur der Marineflak- und Küstenartillerieschulen ernannt.
Im Oktober 1943 wurde eine Marine-Flakschule I in Usedom aufgestellt. Hierfür wurde die ehemalige 1. Abteilung (schwere Bordflak) der aufgelösten Marine-Flakschule I in Swinemünde herangezogen. Ab diesem Zeitpunkt war bis Kriegsende die Warendorp als E-Meß-Schulboot der Marine-Flakschule I zugeordnet.
Zeitgleich mit der Marine-Flakschule I wurde im September 1941 in Dax in Südfrankreich die Marine-Flakschule II eingerichtet. Die Unterstellung erfolgte anfangs fachlich unter den Inspekteur des Bildungswesens bzw. Kommandant der Seeverteidigung Gascogne.
Als im August 1944 Südfrankreich geräumt werden musste, bildete die ehemalige Marine-Flakschule II unter deren ehemaligen Kommandeur das Marine-Regiment Gebauer der Marinebrigade Weber.
Die Marine-Flakschule III wurde erst im Oktober 1943 in Misdroy aufgestellt. Dabei wurde die 3. Abteilung (leichte Flak an Bord und Land) der Marine-Flakschule I für die Aufstellung herangezogen. Die Unterstellung erfolgte unter die Artillerie-Inspektion.
Im Januar 1945 wurde die Marine-Flakschule III aufgelöst und das Personal für die Aufstellung der Festungs-Division Swinemünde, u. a. für das Festungs-Alarm-Regiment 2, herangezogen.
Kommandeur war der Korvettenkapitän Willi Jahn.
Zeitgleich mit der Einrichtung von weiteren Marine-Flakschulen wurde im Oktober 1943 auf Usedom in Neuendorf aus der 4. Abteilung (Flakscheinwerfer- und Horchausbildung) der Marine-Flakschule I die Marine-Flakschule IV aufgestellt. Die Unterstellung erfolgte unter die Artillerie-Inspektion.
Im Januar 1945 wurde die Marine-Flakschule IV aufgelöst und das Personal für die Aufstellung der Festungs-Division Swinemünde, u. a. für das Festungs-Alarm-Regiment 4, herangezogen.
Kommandeur war der Korvettenkapitän (MA) Otto Koertge, vorher Lehrgangsleiter an der Marine-Flakschule I.
Zeitgleich mit der Einrichtung von weiteren Marine-Flakschulen wurde im Oktober 1943 in Swinemünde aus der 5. Abteilung (Funkmeßausbildung) der Marine-Flakschule I die Marine-Flakschule V aufgestellt. Die Unterstellung erfolgte unter die Artillerie-Inspektion.
Im Januar 1945 wurde die Marine-Flakschule V aufgelöst und das Personal für die Aufstellung der Festungs-Division Swinemünde, u. a. für das Festungs-Alarm-Regiment 5, herangezogen.
Kommandeur war der Fregattenkapitän/Kapitän zur See Adolf Freiherr von Wieser. Von Wieser war zugleich Bataillonskommandeur bzw. Kommandeur des Marine-Regiments von Wieser.
Zeitgleich mit der Einrichtung von weiteren Marine-Flakschulen wurde im Oktober 1943 in Wesel aus der 6. Abteilung (Artillerietechnische Ausbildung) der Marine-Flakschule I die Marine-Flakschule VI aufgestellt. Die Unterstellung erfolgte unter die Artillerie-Inspektion.
Im Oktober 1944 wurde die Marine-Flakschule VI im Raum Swinemünde nach Ückeritz verlegt.
Im Januar 1945 wurde die Marine-Flakschule VI aufgelöst und das Personal für die Aufstellung der Festungs-Division Swinemünde herangezogen.
Zeitgleich mit der Einrichtung von weiteren Marine-Flakschulen wurde im Oktober 1943 in Swinemünde aus der 7. Abteilung (Unterseebootflak) der Marine-Flakschule I die Marine-Flakschule VII aufgestellt.
Im Januar 1945 wurde die Marine-Flakschule VII aufgelöst und das Personal für die Aufstellung der Festungs-Division Swinemünde herangezogen.
Kommandeur war der Korvettenkapitän Heinrich Kamper.
Zeitgleich mit der Einrichtung von weiteren Marine-Flakschulen wurde im Oktober 1943 im Raum Swinemünde in Zempin aus der 2. Abteilung (schwere Landflak) der Marine-Flakschule I die Marine-Flakschule VIII aufgestellt. Die Unterstellung erfolgte unter die Artillerie-Inspektion.
Im Januar 1945 wurde die Marine-Flakschule VIII aufgelöst und das Personal für die Aufstellung der Festungs-Division Swinemünde herangezogen.
Mit der Umgliederung der Marine-Flakschulen wurde im Oktober 1943 der Höhere Kommandeur der Marineflak- und Küstenartillerieschulen (HK Flak) aus dem Stab der Marine-Flakschule I eingerichtet. Mit der Einrichtung kam das Artillerieschulschiff Mars von der aufgelösten Marine-Flugabwehrschule I.
Ebenso waren die Schulverband unter Korvettenkapitän/Fregattenkapitän Helmut von Oechelhaeuser dem Kommando unterstellt.