Anschließend war Marcus Baumann 1996 bis 2002 Leiter des Aachener Umweltamtes. Seit 2002 war Baumann Professor für Biotechnologie mit Schwerpunkt der Umweltbiotechnologie an der FH Aachen am Campus Jülich.[1] Die Studenten der FH Aachen wählten Marcus Baumann 2005 zum besten Lehrenden der FH. 2009 wurde Baumann für eine sechsjährige Amtszeit zum Rektor der FH Aachen gewählt.[2] Die Amtszeit wurde 2015 um weitere sechs Jahre verlängert. Im November 2016 wählte die Landesrektorenkonferenz der Fachhochschulen NRW ihn als neuen Vorsitzenden für eine Amtszeit von zwei Jahren.[3] Darüber hinaus war er von 2016 bis Ende 2017 Sprecher der Hochschulallianz für Angewandte Wissenschaften (HAWtech). Im August 2021 ging Marcus Baumann in den Ruhestand.