Sein Forschungsschwerpunkt sind Korallen, über die er regelmäßig wissenschaftlich veröffentlicht.[3][4] Seine Forschungsarbeiten führten ihn wiederholt auf die Philippinen. Im Jahr 2018 war er Gastprofessor an der University of Hawaii, Manoa.[5]
Kochzius ist Gründungsmitglied des Vereins Reef Check.[6]
Trace metal pollution and its influence on the community structure of soft bottom molluscs in intertidal areas of the Dar es Salaam coast, Tanzania. Mar Pollut Bull 64: 521–531.
Isolation and characterisation of nine microsatellite markers in the boring giant clam (Tridacna crocea) and cross-amplification in five other tridacnid species. Mar Biodiv, DOI:10.1007/s12526-011-0101-4.
Genetic population structures of the blue starfish Linckia laevigata and its gastropod ectoparasite Thyca crystallina. Marine Ecology Progress Series 396: 211–219.
Collapse of a new living species of giant clam in the Red Sea. Current Biology 18: 1349–1354.
Trends in Fishery Genetics. In: The Future of Fisheries Science in North America, herausgegeben von Richard J. Beamish, Brian J. Rothschild, Springer Science & Business Media, 2009, S. 457–494 [1]
Zeitmaschine DNA – Die verschlüsselte Evolutionsgeschichte im Erbgut. In: Faszination Meeresforschung: Ein ökologisches Lesebuch, herausgegeben von Gotthilf Hempel, Kai Bischof und Wilhelm Hagen, Springer-Verlag, 2016, S. 503–514 [2]