Die Liste besonderer Naturdenkmäler Japans (jap. 特別天然記念物, Tokubetsu Tennen Kinenbutsu) umfasst gegenwärtig insgesamt 75 nach dem Kulturgutschutzgesetz deklarierte Naturdenkmäler mit besonderem Wert, davon 71 aus Fauna, Flora und Geologie. Hinzu kommen noch vier, zum besonderen Naturdenkmal ernannte Naturschutzgebiete.
In der Kategorie Fauna sind gegenwärtig 21 Tierarten als besonderes Naturdenkmal deklariert. Angegeben ist zudem das Jahr der Ernennung.
In der Kategorie Flora sind gegenwärtig 30 Pflanzenarten als besonderes Naturdenkmal deklariert. Angegeben ist zudem die Präfektur, in der die Pflanzen vorkommen und das Jahr der Ernennung.
In der Kategorie Geologie sind gegenwärtig 20 geologische Formationen und Minerale als besonderes Naturdenkmal deklariert. Angegeben ist zudem die Präfektur und das Jahr der Ernennung.
Vier Naturschutzgebiete sind ebenfalls als besonderes Naturdenkmal deklariert. Angegeben ist zudem die Präfektur.