Labergement-lès-Auxonne liegt etwa 35 Kilometer südöstlich von Dijon. Die Saône begrenzt die Gemeinde im Westen. Umgeben wird Labergement-lès-Auxonne von den Nachbargemeinden Auxonne im Norden, Villers-Rotin im Osten, Flagey-lès-Auxonne im Süden sowie Les Maillys im Westen und Südwesten.