La Chapelle-Fortin liegt etwa 55 Kilometer nordwestlich von Chartres. Umgeben wird La Chapelle-Fortin von den Nachbargemeinden Rohaire im Norden, Boissy-lès-Perche im Nordosten und Osten, Lamblore im Südosten, La Ferté-Vidame im Südosten und Süden sowie Moussonvilliers im Westen.