La Celle-Saint-Cyr liegt etwa 27 Kilometer nordnordwestlich von Auxerre. Umgeben wird La Celle-Saint-Cyr von den Nachbargemeinden Saint-Julien-du-Sault im Norden und Nordwesten, Cézy im Norden und Osten, Béon im Süden und Südosten, Sépeaux-Saint Romain im Südwesten sowie Précy-sur-Vrin im Westen.