Kyzikos wurde von Siedlern aus Milet gegründet. Die Chronik des Eusebius gibt drei verschiedene Gründungsdaten an, von denen zwei – 756 und 679 v. Chr. – als möglicherweise historisch gelten.[1] Seit dem 5. Jahrhundert v. Chr. spielte die Stadt eine bedeutende Rolle für den thrakischen Seehandel. Die Elektron-Münzen von Kyzikos (Kyzikener) spielten im internationalen Handel vom 6. bis zum 4. Jahrhundert v. Chr. eine wichtige Rolle.
Zunächst wurde die Stadt von Tyrannen unter persischer Herrschaft regiert; später wurde sie Mitglied im Attisch-Delischen Seebund und im 2. Attischen Seebund. Bei Kyzikos fand 410 v. Chr. im Peloponnesischen Krieg eine Seeschlacht statt. Die spartanische Flotte unter Mindaros wurde von der athenischen unter dem Kommando des Alkibiades vollständig vernichtet. Zur Zeit der Diadochen wurde Kyzikos dem Seleukidenreich einverleibt und gehörte zu den Gebieten des Seleukidenreiches, die 190 v. Chr. den Attaliden zugeschlagen wurden. Als Erbteil des pergamenischen Reichs an Rom, fiel auch Kyzikos 130 v. Chr. unter römische Herrschaft.
Im Jahr 74 v. Chr. wurde die Stadt durch Mithridates VI. (Pontos) erfolglos belagert. Sulla, und später von Gnaeus Pompeius Magnus bestätigt, gab ihr nach den Mithridatischen Kriegen den Status einer freien Stadt. Nachdem die Stadt bereits unter Augustus die Freiheit vorübergehend verloren hatte, wurde sie unter Tiberius endgültig der Provinz Asia eingegliedert. Im 4. Jahrhundert errichtete der Patriarch von Konstantinopel eine Kirchenprovinz Cyzicus mit mindestens sieben Bischofssitzen, darunter Miletopolis, ein im 18. Jahrhundert erneuertes Titularbistum der römisch-katholischen Kirche. Die Stadt wurde mehrfach durch Erdbeben schwer getroffen, so unter Hadrian, Antoninus Pius und im Jahr 544 unter Justinian I., schließlich durch die Erdbeben in den Jahren 675 und 1063 n. Chr. vernichtet.
Kaiser Justinian II. siedelte 690 Bewohner von Zypern nach Kyzikos um. Die Tatsache, dass die überlebenden Umsiedler nach einem Schiffbruch auf dem Transport nach Kyzikos oder besser: der dort neu gegründeten Stadt Nea Justinianopolis nach Zypern zurückkehrten, spricht dafür, dass sie die Insel nicht freiwillig verlassen hatten. Andere Einwohner flohen nach Syrien, um der Umsiedlung zu entgehen.
Frederick William Hasluck: Cyzicus, being some account of the history and antiquities of that city, and of the district adjacent to it, with the towns of Apollonia ad Rhyndacum, Miletupolis, Hadrianutherae, Priapus, Zeleia, etc. 1910.
↑Ein Drittes, 1267 v. Chr., gilt in der Forschung als mythisch, s. z. B. Vanessa B. Gorman: Miletos, the Ornament of Ionia: A History of the City to 400 B.C.E. University of Michigan 2001, S. 246.
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