In der Folgezeit schrieb er auf Englisch und Deutsch Veröffentlichungen über das Irische, allgemein zu den keltischen Sprachen und Lehrbücher der deutschen Sprache. Mit Ludwig Christian Stern gründete er 1896 die einflussreiche Zeitschrift für celtische Philologie. Im Jahr 1904 wurde Meyer Professor für Keltische Sprachen an der Royal Irish Academy in Dublin und Herausgeber von Ériu, der Zeitschrift der School of Irish Studies (heute eine Abteilung des Dublin Institute for Advanced Studies). Er wurde 1912 Ehrenbürger sowohl von Dublin als auch von Cork.
Nach Ausbruch des Ersten Weltkrieges übersiedelte Meyer in die USA und hielt an der Columbia University in New York Vorlesungen. Ab November 1914 hielt er auch Vorträge bei der irisch-republikanischen Organisation Clan na Gael auf Long Island. Meyers klar prodeutsche Ansichten verursachten in Großbritannien und Irland einige Empörung und infolgedessen wurde ihm die Ehrenbürgerschaft von Dublin und Cork aberkannt, wie auch die Ehrenprofessur für Keltologie an der University of Liverpool. Dennoch blieb Meyer in den Vereinigten Staaten und lernte 1915 während eines Krankenhausaufenthalts in Kalifornien Florence Lewis kennen, die er kurz darauf heiratete. Ab 1917 lebten beide in Deutschland, wo Meyer 1919 in Leipzig starb.
Bernhard Maier: Kindheit in der Gründerzeit zwischen Alster und Elbe. Kuno Meyers Tagebücher 1868–1874, Ergon-Verlag, Würzburg 2016 (Bibliotheca academica, Reihe Geschichte, Band 4), ISBN 3-95650-163-2.
Bernhard Maier: Keltologe zwischen Kaiserreich und British Empire. Kuno Meyers Briefe an Korrespondenten in Deutschland und Österreich, 1874–1919, Ergon-Verlag, Würzburg 2016 (Bibliotheca academica, Reihe Geschichte, Band 6) ISBN 3-95650-166-7.