Nachdem Nadir Schah von Persien, der das Gebiet in den 1730er Jahren vom Osmanischen Reich erobert hatte, gestorben war, gründete Khan Haydar Quli 1747 das Khanat Nachitschewan. Der Staat blieb aber persischer Vasall. Während der Regierungszeit von Khan Panah von Karabag war das Khanat ein Teil des Khanats Karabach.
Das Khanat wurde 1828 aufgelöst und Teil des benachbarten Khanats Jerewan, das ebenfalls an Russland gefallen war. 1840 wurde dieses eine russische Provinz. Nachitschewan wurde ein Bezirk dieser Provinz.
Auch nach der Auflösung des Khanats blieben die Khane sehr einflussreich. Sie wurden im Russischen Reich bekannt unter dem Namen Nachitschewanski (Нахичеванский/Naxçıvanski) und wählten häufig eine militärische Laufbahn.
1605 waren unter Shah Abbas die meisten in Culfa und Naxçivan lebenden Armenier nach Neu-Dschulfa in Isfahan und umliegende Gebiete deportiert worden, so dass zur Zeit des Khanats nur noch vergleichsweise wenige Armenier verblieben.[3]
Unter der russischen Herrschaft wurden wiederum viele Armenier aus dem Osmanischen Reich und Persien in Nachitschewan angesiedelt. Dies wurde durch die Verträge von Turkmantschai und Adrianopel ermöglicht. Nach diesen Umsiedlungen soll es große Spannungen zwischen den muslimischen Einwohnern und den christlichen Armeniern gegeben haben, sodass später weitere Armenier in anderen Gebieten angesiedelt wurden.
↑Florian Schwarz: Von Julfa nach Julfa: Zwangsumsiedlungen von Armenier in Iran im frühen 17. Jahrhundert. In: Thomas Ertl: Erzwungene Exile: Umsiedlung und Vertreibung in der Vormoderne (500 bis 1850). Campus Verlag, Frankfurt am Main 2017, S. 239.
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