Am 25. Juli 1919 wurde Ståhlberg mit großer Mehrheit im Reichstag zum Staatspräsidenten gewählt, unterstützt von Liberalen, Sozialdemokraten und der Bauernpartei (Präsidentschaftswahl 1919). Der bisherige ReichsverweserGustaf Mannerheim als Kandidat des konservativen und nationalistischen Lagers unterlag. Ståhlberg versuchte, zwischen den vom Bürgerkrieg verhärteten politischen Lagern zu vermitteln und nahm Sozialreformen in Angriff. Trotz positiver Regierungsbilanz verzichtete er auf die Kandidatur für eine zweite Amtszeit, in der Hoffnung, damit eine Verfassungstradition begründen zu können, die dem parlamentarischen Prinzip den Vorzug vor dem präsidentiellen geben würde.
Von 1926 bis 1946 wirkte er als Mitglied im Rechtsausschuss und beeinflusste die finnische Gesetzgebung nachhaltig.
Ståhlberg und seine Ehefrau Ester wurden am 14. Oktober 1930 von bewaffneten Anhängern der faschistischenLappobewegung entführt. Von Helsinki–Kulosaari wurden sie nach Joensuu gebracht und unter Druck gesetzt, sich in die Sowjetunion ins Exil zu begeben. Die Aktion scheiterte, und der Mitverschwörer Generalmajor Kurt Martti Wallenius wurde aus dem Dienst entfernt.
Bei den Präsidentschaftswahlen 1931 und 1937 kandidierte Ståhlberg erneut, unterlag aber 1931 Pehr Evind Svinhufvud im dritten Wahlgang um zwei Stimmen und verfehlte 1937 im ersten Wahlgang die absolute Mehrheit nur um eine Stimme.