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Quellen ergänzen
Der KF Shkëndija wurde 1979 von Albanern aus Tetovo mit der Intention gegründet, Albanern aus ganz Jugoslawien einen Zusammenschluss zu bieten. Dies wurde von jugoslawischen Offiziellen mit Skepsis betrachtet. Der Club wurde schließlich verboten, da man fürchtete, er würde nationalistische Stimmungen unter den Albanern Jugoslawiens fördern. Nach der Unabhängigkeitserklärung der Republik Mazedonien wurde der KF Shkëndija wieder in den mazedonischen Fußball integriert.
Nach dem Aufstieg in die Prva Liga 2010 gewann der Verein sogleich die mazedonische Meisterschaft der Saison 2010/11.
Durch den Gewinn der Meisterschaft qualifizierte sich die Mannschaft zum ersten Mal in der Vereinsgeschichte für die Champions League. In der 2. Qualifikationsrunde unterlag Shkëndija allerdings Partizan Belgrad mit 0:4 und 0:1.
Während der Sommerpause 2013 befand sich der Klub in seiner bisher schwersten finanziellen Krise. Lange Zeit war die Zukunft des Klubs ungewiss. Dies nahmen die Anhänger des Vereins (Fanclub Ballistët) zum Anlass, um diesen Verein aus dieser Krise zu helfen, indem sie das ebenfalls in Tetovo ansässige renommierte Unternehmen Ecolog um Hilfe baten. Letztlich erklärte sich Ecolog und dessen Besitzer Lazim Destani bereit nach mehrwöchigem Werben mit dem Slogan Ecolog thuaj po (Ecolog sag Ja), der auch teilweise im Ausland lebenden Anhänger, den Klub zu übernehmen. Seitdem ist Ecolog auch Hauptsponsor des Vereins.
Anhänger
Die Ultras von Shkëndija nennen sich „Ballistët“, nach Balli Kombëtar, einer albanischen nationalistischen Organisation, die während des Zweiten Weltkriegs aktiv war. Rivalitäten bestehen mit Anhängern des Stadtrivalen FK Teteks Tetovo und solchen des Hauptstadtklubs FK Vardar Skopje.
