Am 24. September 1688 übernahm er das Kommando über die Firedrake und nahm am 1. Mai 1689 an der Seeschlacht vor der Bantry Bay teil, wo es ihm gelang das französischeLinienschiffDiamant in Brand zu setzen. Zwei Tage nach der Schlacht wurde ihm das Kommando über die Dartmouth (40 Kanonen) übertragen, mit der er am 28. Juli 1689 an der Beseitigung einer Schwimmsperre teilnahm die die Versorgung des belagerten Derry verhinderte. Erneut wurde Leake das Kommando über ein größeres Schiff übergeben, die Oxford (54 Kanonen). Bald darauf wechselte er auf die Eagle (70 Kanonen), mit der er unter Admiral Edward Russell am 19. Mai 1692 an der Seeschlacht bei Barfleur teilnahm.
Im Juli 1693 wechselte Leake auf die Ossory (90 Kanonen), mit der er bis zum Frieden von Rijswijk unter Russell im Mittelmeer kreuzte. Es folgten Verwendungen auf der Kent, Berwick und der Exeter. Mit letzterer befehligte er von Juli bis Oktober 1702 ein Geschwader von acht Schiffen die vor der Küste Neufundlands der französischen Fischerei während des Spanischen Erbfolgekrieges schweren Schaden zufügten. Im Dezember wurde er zum Rear Admiral of the Blue ernannt, am 1. März 1703 zum Vice Admiral of the Blue.
1707 erfolgte seine Beförderung zum Admiral of the White und die Übernahme des Oberbefehls im Mittelmeer, wo es ihm 1708 gelang Sardinien und Menorca zu erobern. 1708 wurde er Admiral of the Fleet und 1710 zum Ersten Lord der Admiralität ernannt. Von 1708 bis 1714 war er Parlamentsabgeordneter für Rochester. 1714 trat er in den Ruhestand.
Leake verstarb 1720 in Greenwich und wurde in einer Kirche in Stepney begraben. Seine Frau Christiane und sein Sohn Richard waren bereits vor ihm gestorben.
Literatur
John Knox Laughton: Leake, John (1656–1720). In: Sidney Lee (Hrsg.): Dictionary of National Biography. Band32: Lambe – Leigh. MacMillan & Co, Smith, Elder & Co., New York City / London 1892, S.317–320 (englisch, (teilweise schlechte Scans, noch kein OCR)).
Geoffrey Callender, Herausgeber von Stephen Martin Leake (1702–1773): The life of Sir John Leake, rear-admiral of Great Britain. 2 Bände. Navy Records Society, 1920. Band 1, archive.org – Band 2, archive.org.