Johann war der einzige Sohn des Fürsten Rudolf von Anhalt-Zerbst (1576–1621) aus dessen zweiter Ehe mit Magdalene (1585–1657), Tochter des Grafen Johann XVI. von Oldenburg. Er folgte seinem Vater als Fürst von Anhalt-Zerbst nominell schon kurz nach seiner Geburt und stand dabei unter Vormundschaft des Fürsten August von Anhalt-Plötzkau. Seine Erziehung wurde nicht nur durch Hauslehrer, sondern vor allem durch seine lutherische Mutter beeinflusst, die ihn auch in diesem Glauben erzog, ohne dass die anhaltische, der reformierten Kirche angehörenden Verwandtschaft etwas dabei ausrichten konnte. 1626 hatte Magdalene in dieser Angelegenheit den Kaiser eingeschaltet.
Sofort nach der Übernahme der Regierungsgeschäfte gestaltete Fürst Johann sein reformiertes Fürstentum im lutherischen Sinne um. Um die Huldigung der reformierten Stände zu erzwingen, musste der Kaiser einschreiten. Er konnte gegenüber den Ständen seinen Herrschaftsanspruch nicht nur durchsetzen, sondern auch durch die Einnahme verschiedener Lehen sein Territorium merklich vergrößern.
Fürst Ludwig I. von Anhalt-Köthen nahm Fürst Johann 1642 zusammen mit Hofrat Konrad Balthasar Pichtel und Hofjunker Joachim von Boeselager in die Fruchtbringende Gesellschaft auf. Er verlieh Fürst Johann den Gesellschaftsnamen der Wohlgestaltete und das Motto anmutiger Schärfe. Als Emblem wurde ihm indianische Kresse mit ihrer schönen Blüte (Tropaeolum majus L.) zugedacht. Im Köthener Gesellschaftsbuch findet sich Fürst Johanns Eintrag unter der Nr. 398. Hier findet sich auch das Reimgesetz, das der Fürst anlässlich seiner Aufnahme verfasst hatte:
Die Kreß' aus India hat eine schöne blüht' Jst wolgestalt, drumb ich der Wolgestaltet' heiße: Anmutig ihre schärff' ist draus dan ihre güt' Jngleichen wird gespürt: Ein tapfer geist sich reiße Und in geberden sey: Auch nimmer nichts verheiße Er woll' es halten dan, das wird sein recht bedacht Und wolgestaltet hat drauf gute frucht gebracht.
