Seltener wird das Wort im topografischen Sinn für „ein auf einem Hof liegendes“ Kirchengebäude verwandt, wie in Breslau. So gibt es Hofkirche genannte protestantische Kirchenräume, die in den Innenhöfen errichtet wurden, von der Straße aus also nicht oder weniger gut zu sehen waren. Diese Art von Kirchenbau trat in Gebieten auf, wo die Protestanten ab dem 17. Jahrhundert zwar geduldet waren, aber kein Aufsehen erregen sollten und zum Selbstschutz auch nicht wollten. Deshalb errichtete man die Kirchen entweder so, dass sie wie die niederländischen Schuilkerk in die Straßenfront eingebunden waren und auf den ersten Blick als ganz normales Wohnhaus wirkten oder verlegte sie in den Hof des Komplexes. Zur Straße hin befand sich dann ein Haus, das als Pfarrhaus und/oder Schule diente, während man durch das Hoftor zur Kirche gelangte. Da man die Kirchen nicht sehen sollte, sollten sie auch nicht gehört werden, so dass Hofkirchen in der Regel keine Glocken hatten. Einige dieser Hofkirchen existieren noch heute, zum Beispiel die Neanderkirche und die Berger Kirche in Düsseldorf, die Mennonitenkirche in Krefeld sowie reformierte Kirchen in Wassenberg, Kaldenkirchen, Süchteln und Erkelenz-Lövenich.
Weiterhin nennt die Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde in Berlin-Köpenick ihre in einem Innenhof gelegene Kirche Hofkirche.[1] Auch hier scheinen „Störungen während des Gottesdienstes“ am früheren Standort mit zum Entschluss beigetragen zu haben, das neue Kirchengebäude in einem Innenhof zu bauen.[2]
