Das Institut forscht fachgebietsübergreifend mit dem Ziel der nachhaltigen Weiterentwicklung der ländlichen Räume, der Land-, Forst- und Holzwirtschaft sowie der Fischerei. Dabei bezieht es sozioökonomische, ökologische und technologische Aspekte ein.
Das Institut erarbeitet als Ressortforschungseinrichtung wissenschaftliche Grundlagen als Entscheidungshilfe für die Politik der Bundesregierung. Das Thünen-Institut ist Mitglied der Arbeitsgemeinschaft der Ressortforschungseinrichtungen.
Es verfügt nach dem Haushaltsplan 2021 über rund 606 Planstellen und Stellen. Dazu kommen Drittmittelstellen in wechselndem Ausmaß (rund 250 Vollzeitstellen am 31. Dezember 2020). Das Bundesforschungsinstitut gliedert sich in 15 Fachinstitute:
Institut für Lebensverhältnisse in ländlichen Räumen (Sitz: Braunschweig)
Institut für Innovation und Wertschöpfung in ländlichen Räumen (Sitz: Braunschweig)
Institut für Betriebswirtschaft (Sitz: Braunschweig)
Institut für Marktanalyse (Sitz: Braunschweig)
Institut für Agrartechnologie (Sitz: Braunschweig)
Institut für Biodiversität (Sitz: Braunschweig)
Institut für Agrarklimaschutz (Sitz: Braunschweig)
Institut für Ökologischen Landbau (Sitz: Westerau-Trenthorst, Gut Trenthorst)
Die beiden Institute für Lebensverhältnisse in ländlichen Räumen und für Innovation und Wertschöpfung in ländlichen Räumen sind zum 1. Dezember 2021 aus dem bisherigen Institut für Ländliche Räume hervorgegangen[2]. Die beiden Institute für Seefischerei und für Fischereiökologie, zuvor in Hamburg-Altona ansässig, haben 2018 einen Neubau in Bremerhaven im Fischereihafen bezogen. Das Gebäude entstand nach Plänen des Büro Staab (Bremer BDA-Preis 2018)[3].
