Nach dem Studium der Evangelischen Theologie an der Universität Uppsala war Ekman in verschiedenen kirchlichen und wissenschaftlichen Ämtern tätig, bevor er 1887 Professor für theologische Propädeutik und Enzyklopädie in Uppsala wurde. Als erster Theologieprofessor, der Seminare anbot, wurde er einer der Impulsgeber der Jungkirchenbewegung („Ungkyrkorörelsen“), die die schwedische Staatskirche mit neuem Leben erfüllen wollte.
Er berief 1902 die erste Bischofskonferenz und 1907 die erste Generalkirchenversammlung („allmänna kyrkliga mötet“) ein, die zu wichtigen Institutionen in der Kirche wurden, knüpfte enge Kontakte zur Kirche von England und setzte sich für die Mission ein.
Literatur
Herman Lundström: Ärkebiskopen doktor Johan August Ekman : Några minnesblad. Uppsala 1915.
Evert Sverkman: Ärkebiskop J. A. Ekman som visitator : en undersökning av visitationer i Uppsala ärkestift 1901–1913. Kungsängen 1994.