Nach dem Tod seines Vaters übernahm er die Regierung gemeinsam mit seinen Brüdern Karl und Bernhard VII., die jedoch noch minderjährig unter der Vormundschaft ihrer Onkel Georg III. und Joachim I. standen. Joachim Ernst residierte später in Roßlau, Bernhard in Dessau und Karl in Zerbst. Karl starb als erster der Brüder 1561. Nach dem Tod seiner Onkel und dem Verzicht seines Vetters Wolfgang von Anhalt-Köthen fielen Joachim Ernst und seinem Bruder Bernhard 1562 das ganze Land Anhalt zu. Im Jahr 1563 teilte er das Land mit seinem Bruder und erhielt dabei Bernburg, Köthen, Sandersleben, Freckleben, Hoym, Ballenstedt, Harzgerode und Güntersberge. Nach Bernhards Tod 1570 erhielt er auch dessen Territorien und vereinigte so das ganze Anhalt in seiner Hand. Er verlegte ab da seinen Regierungssitz nach Dessau.
Joachim Ernst war ein typischer Renaissancefürst, vielseitig begabt und den Künsten und der Kultur aufgeschlossen. Er schickte seine Söhne mit ihren Erziehern auf jahrelange Bildungsreisen ins Ausland. Zeit seiner Regierung hatte er gegen eine anwachsende Schuldenlast zu kämpfen.
Dem Sohn seines Kanzlers, Tobias Hübner, verdanken wir die Beschreibung der am Dessauer Hof ausgetragenen Ritterspiele. 1572 schuf Joachim Ernst die Landesverordnung Anhalts und gründete 1582 das Gymnasium Illustre in Zerbst. Mangels einer Primogenitur in Anhalt musste das Land nach seinem Tod 1586 unter seine 5 lebenden Söhne aufgeteilt werden. Joachim Ernst wurde in der Marienkirche in Dessau bestattet.
Ehen und Nachkommen
Joachim Ernst war zweimal verheiratet. Seine erste Ehefrau wurde am 3. März 1560 in Barby Agnes (1540–1569), Tochter des Wolfgang von Barby, mit der er folgende Kinder hatte:
↑Oder am 8. Januar, es gibt mehrere Überlieferungen zum Datum; siehe Gerhard Raff: Hie gut Wirtemberg allewege. Band 1: Das Haus Württemberg von Graf Ulrich dem Stifter bis Herzog Ludwig. 6. Auflage. Landhege, Schwaigern 2014, ISBN 978-3-943066-34-0, S. 570 mit Anm. 4 auf S. 571.
