Jesper Bøje Christensen (* 3. Dezember 1944 in Kopenhagen) ist ein dänischer Cembalist und Musikforscher, besonders auf dem Gebiet des Generalbasses.
Jesper B. Christensen war von 1972 bis 1985 Dozent für historischen Tonsatz, Generalbass und Aufführungspraxis an der Königlichen Dänischen Hochschule für Musik in Kopenhagen. Jesper Christensen unterrichtete seit 1988 Cembalo, Generalbass, Kammermusik und Aufführungspraxis an der Schola Cantorum Basiliensis, außerdem wirkte er als Gastprofessor am CNSM in Lyon, am Département de musique ancienne des Genfer Konservatoriums, am Johann-Joseph-Fux-Konservatorium Graz, sowie bei zahlreichen Meisterkursen. Christensen war in den Jahren 1992, 1995, 1998 und 2001 Mitglied der Jury beim internationalen Cembalowettbewerb im Rahmen des MAfestival Brügge und 2006 Präsident der Jury beim Kammermusikwettbewerb Premio Bonporti im italienischen Rovereto, sowie mehrmals Vorsitzender beim Telemann-Wettbewerb in Magdeburg.
Er ist Autor des Lehrbuches Die Grundlagen des Generalbaßspiels im 18. Jahrhundert (Kassel 1992) und mit Jörg-Andreas Bötticher Verfasser des Artikels Generalbass im Musiklexikon Musik in Geschichte und Gegenwart.