Seit 1981 leitete Søndergaard sein eigenes Quartett, dem unter anderem Marilyn Mazur angehörte; das Quartett hat auch den Dichter Peter Poulsen begleitet. In den 1980er Jahren spielte er in eigenen Gruppen mit führenden Musikern Dänemarks, ab 1985 in der Unit 4 unter anderem mit Jørgen Emborg. 1982 war er mit der White Label Jazz Group auf Tournee in der UdSSR. Ab der zweiten Hälfte der 1980er Jahre hat er mit Lee Konitz gearbeitet, der ihn unterrichtete und stark beeinflusste, und mit diesem, aber auch im Quartett mit Enrico Pieranunzi aufgenommen. Anlässlich der Verleihung des Jazzpar-Preis an Konitz 1992 leitete er das Nonett, mit dem dieser auftrat. Ebenfalls 1992 wurde er Mitglied von Klüvers Big Band, in der er mit Solisten wie Bob Mintzer oder Deborah Brown arbeitete, später trat er mit der Bigband von Ib Glindemann und mit Benny Golson auf. 2007 gründete er die Band Art of Pepper, die sich der Musik von Art Pepper widmete und das Album More Pepper aufnahm. 2008 veröffentlichte er ein Duo-Album mit dem amerikanischen Pianisten Kenny Werner, das als dänisches Jazz-Album des Jahres herausgestellt wurde.
Preise und Auszeichnungen
Søndergaard erhielt 1974 einen Preis als bester ausländischer Solist auf dem Jazzfestival von Prerov. 1995 wurde er mit dem Gaffelprisen geehrt. 2017 wurde er mit dem Ehrenpreis des Ben Webster Prize ausgezeichnet.