Bei den Kongresswahlen des Jahres 1802 wurde Anderson im dritten Wahlbezirk von Pennsylvania in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 4. März 1803 die Nachfolge von Joseph Hemphill antrat. Nach einer Wiederwahl konnte er bis zum 3. März 1807 zwei Legislaturperioden im Kongress absolvieren. Während seiner Zeit als Kongressabgeordneter wurde im Jahr 1803 durch den von Präsident Jefferson getätigten Louisiana Purchase das Staatsgebiet der Vereinigten Staaten beträchtlich erweitert. Im Jahr 1804 wurde der zwölften Verfassungszusatz ratifiziert.
Im Jahr 1806 verzichtete Anderson auf eine erneute Kongresskandidatur. Nach dem Ende seiner Zeit im US-Repräsentantenhaus bewirtschaftete er sein Gut Anderson Place, wo er hauptsächlich in der Landwirtschaft arbeitete. Er war aber auch im Sägemühlengeschäft tätig. Dort ist er am 27. Oktober 1838 auch verstorben.
