Joseph F. Younan, eines von neun Geschwistern, studierte am St.-Ephrem-St.-Benoît-Priesterseminar der französischen Benediktiner in Charfet, Libanon. Anschließend studierte er Theologie und Philosophie am Collegio di Propaganda Fide der Jesuiten in Rom und an der Päpstlichen Universität Urbaniana in Rom. Joseph F. Younan empfing 12. September 1971 die Priesterweihe und war anschließend Lehrer am Seminar in Charfet, später auch Regens des Priesterseminars. In seinem Heimatbistum Hassakeh war er von 1973 bis 1980 Leiter des Referates für Katechismus, ab 1980 Pfarrer in der Verkündigungsbasilika in Beirut.
Am 21. Januar 2009 wurde er von der syrisch-katholischen Bischofssynode in Rom als Nachfolger S.S. Ignatius Pierre VIII. Abdel-Ahads zum Patriarchen gewählt. Am 23. Januar 2009 absolvierte er seinen Antrittsbesuch bei Papst Benedikt XVI.