1903 war er wieder in der US Army als Major und wurde Militärgouverneur des Sulu-Archipels. 1906–1910 war er Superintendent in West Point im temporären Rang eines Colonel. 1911 wurde er Oberstleutnant (Lieutenant Colonel) und kurz danach wieder Oberst und er kommandierte das 3. US-Kavallerie-Regiment in Texas, wobei er wieder in Indianer-Angelegenheiten verwickelt war. Im März 1913 wurde er Brigadegeneral (Brigadier-General) und er kommandierte die 2. Kavallerie-Brigade im Südwesten der USA, bei der er durch diplomatisches Geschick Navajo-Unruhen in Arizona löste. Von 1914 bis 1917 war er Generalstabschef des US-Heeres. Hier kümmerte er sich anfangs hauptsächlich um Indianer und Grenzstreitigkeiten mit Mexiko; seine Amtszeit umfasste aber auch die ersten Monate des Eintritts der USA in den Ersten Weltkrieg (April 1917) und er war schon 1916 mit Vorbereitungen für den Kriegseintritt befasst, wobei er für die Einberufung von Wehrpflichtigen eintrat. Im April 1915 wurde er zum Generalmajor befördert.
Hugh L. Scott
Im September 1917 trat er mit Erreichen des üblichen Pensionsalters als Generalstabschef in den Ruhestand, blieb aber im aktiven Dienst als Kommandeur der 78. Division in Camp Dix und von Camp Dix in New Jersey und inspizierte die Front in Frankreich. Nach dem endgültigen Ruhestand in der Army 1919 war er von 1919 bis 1929 im Board of Indian Commissioners und von 1923 bis 1933 Vorstand der New Jersey State Highway Commission.
