Herbert Batliner war der Sohn einer österreichischen Mutter und eines Liechtensteiner Vaters. Er besass neben der liechtensteinischen auch die österreichische Staatsbürgerschaft. Sein Vater, Eduard Batliner, war 40 Jahre lang Direktor der Liechtensteinischen Landesbank (LLB).[3] Batliner besuchte die Volksschule in Vaduz. 1948 machte er seine Matura am Kollegium Mariahilf in Schwyz. Er studierte an den Universitäten in Bern, Innsbruck und Lyon. 1952 promovierte er an der Universität Innsbruck zum Doctor iuris utriusque. An der gleichen Universität erfolgte 1953 seine Promotion zum Dr. rer. oec. Er wurde 1955 in Liechtenstein als Rechtsanwalt zugelassen.
2002 stiftete Batliner die Orgel der Sixtinischen Kapelle im Vatikan und durfte sich seither Kammerherr Seiner Heiligkeit nennen.[9] Sein Vermögen wurde 2006 auf etwa 200 Millionen Schweizer Franken geschätzt.[10] Des Weiteren spendete er 730'000 Euro für die originalgetreue Restaurierung der Orgel in der Stiftskirche zur Alten Kapelle in Regensburg. Zur Einweihung der Orgel im Beisein von PapstBenedikt XVI. am 13. September 2006 wurde daher seine Anwesenheit erwartet. Gegen Batliner ermittelte zu dieser Zeit allerdings die deutsche Staatsanwaltschaft wegen Beihilfe zur Steuerhinterziehung in Höhe von 250 Millionen Euro. Batliners Anwälte hatten aus diesem Grund mit der deutschen Justiz freies Geleit nach Regensburg ausgehandelt. Diese entschied, den schwer kranken Mann nicht auf dem Weg zum Papst festzunehmen. Das Verfahren wurde 2007 gegen Zahlung einer Geldauflage von zwei Millionen Euro eingestellt.[11]
1997 stiftete er den Corvinus-Preis, der vom (ebenfalls von ihm gestifteten) Budapester Europainstitut vergeben wird.[12] In Salzburg besteht seit 1997 das von ihm gegründete Herbert-Batliner-Europainstitut als Forschungsinstitut für Europäische Politik, Geschichte und Kultur. Er war Ehrenpräsident dieses Instituts.
Batliner war Mitglied der katholischen Studentenverbindung AV Austria Innsbruck, der AKV Burgundia Bern und der AV Helvetia Oenipontana Innsbruck. Seit dem Jahr 2000 trug er zudem das Ehrenband der KÖStV Cimbria Kufstein. 1956 heiratete er Rita Bühler, eine der Töchter Oswald Bühlers. Aus der Ehe gingen vier Kinder, zwei Söhne und zwei Töchter, hervor. Sein Sohn Thomas war als Springreiter und Trainer aktiv. Sein jüngster Sohn Alexander war 2009 bis 2013 Parteipräsident der Fortschrittlichen Bürgerpartei (FBP).
In den 1960er Jahren begannen Herbert und Rita Batliner, Kunstwerke der Klassischen Moderne zu sammeln. Mit rund 500 Werken gehört die Sammlung Batliner mittlerweile zu den grössten europäischen Privatsammlungen der Malerei dieser Stilrichtung. Seit 2007 befindet sie sich als Leihgabe in der Albertina in Wien und wird dort als Dauerausstellung gezeigt.[13]