In dieser Zeit wurde sie 1955 Mitglied der SPD und war von 1968 bis 1976 im Bundesministerium für Jugend, Familie und Gesundheit tätig. Zuletzt führte sie als Ministerialdirektorin die Abteilung „Lebensmittelwesen und Veterinärmedizin“.
Am 28. April 1976 wurde Helga Elstner von der Hamburgischen Bürgerschaft in den Hamburger Senat gewählt und übernahm die Leitung der Behörde für Gesundheit und Verbraucherschutz. Nach der Bürgerschaftswahl 1978 wurde sie vom umgebildeten Senat am 28. Juni 1978 zusätzlich zur ersten weiblichen Zweiten Bürgermeisterin, und damit zur Stellvertreterin des Ersten BürgermeistersHans-Ulrich Klose, gewählt. Am 13. Juni 1984 gab sie ihre Ämter als Zweite Bürgermeisterin und Präses der Gesundheitsbehörde auf, um ihr Mandat in der Bürgerschaft auszuüben.
Am 16. September 1987 wurde sie in der Nachfolge von Elisabeth Kiausch zur Bürgerschaftspräsidentin gewählt. Mit dem Ende der 13. Wahlperiode am 19. Juni 1991 endete ihre Laufbahn als Abgeordnete und Präsidentin. Nach der Niederlegung ihres Bürgerschaftsmandates legte sie „die Politik“ nicht ad acta, sondern setze ihre bereits 1986 begonnene Arbeit als Mitglied des Wirtschafts- und Sozialausschusses der Europäischen Gemeinschaft, Brüssel, mit den Arbeitsschwerpunkten Wirtschafts- und Verbraucherfragen, Außenbeziehungen fort.
Helga Elstner war zwei Mal verheiratet und hatte einen Sohn aus erster Ehe.
