Die Saison 1989/90 der Handball-Regionalliga Süd war die einundzwanzigste Spielzeit, welche unter dem Dach des Süddeutschen Handballverbandes (SHV) organisiert wurde und nach der Bundesliga, und der 2. Bundesliga zu den dritthöchsten Spielklassen im deutschen Handball gehörte.
Süddeutscher Meister und Aufsteiger in die 2. Bundesliga wurde der TSV 1896 Rintheim. Vizemeister ohne Aufstiegsrecht wurde der TSG Oßweil. Die Absteiger in die Oberligen waren TG 1848 Donzdorf, TuS Helmlingen und SG 07 St.Leon.
Zwölf Mannschaften spielten eine Hin- und Rückrunde um die süddeutsche Meisterschaft und den Aufstieg in die 2. Bundesliga. Die Plätze elf bis zwölf waren die Absteiger in die Oberligen.
Nicht mehr dabei waren ein Aufsteiger und vier Absteiger aus der Vorsaison. Neu dabei waren die Aufsteiger (N) aus den Oberligen Südbaden, Baden, Württemberg und der Bayernliga.
(A) = Absteiger aus der 2. Bundesliga, (N) = neu in der Liga (*) = hatte das bessere Torverhältnis Süddeutscher Meister und Aufsteiger zur 2. Bundesliga 1990/91 Für die Regionalliga Süd 1990/91 qualifiziert
Endrundenturniere (Männer) des SHV vor Einführung der Handball-Bundesliga zur Saison 1966/67 1950 | 1951 | 1952 | 1953 | 1954 | 1955 | 1956 | 1957 | 1958 | 1959 | 1960 | 1961 | 1962 | 1963 | 1964 | 1965 | 1966
Endrundenturniere (Männer) des SHV nach Einführung der Handball-Bundesliga 1967 | 1968 | 1969
Handball-Regionalliga Süd des SHV als zweithöchste Spielklasse 1969/70 | 1970/71 | 1971/72 | 1972/73 | 1973/74 | 1974/75 | 1975/76 | 1976/77 | 1977/78 | 1978/79 | 1979/80 | 1980/81
Handball-Regionalliga Süd ab 1981/82 als dritthöchste Spielklasse 1981/82 | 1982/83 | 1983/84 | 1984/85 | 1985/86 | 1986/87 | 1987/88 | 1988/89 | 1989/90 | 1990/91 | 1991/92 | 1992/93 | 1993/94 | 1994/95 | 1995/96 | 1996/97 | 1997/98 | 1998/99 | 1999/2000 | 2000/01 | 2001/02 | 2002/03 | 2003/04 | 2004/05 | 2005/06 | 2006/07 | 2007/08 | 2008/09 | 2009/10