Am Deutschen Institut für Wirtschaftsforschung war er von 1989 bis 2011 für eine der weltweit größten und meistgenutzten Längsschnittstudien verantwortlich, das Sozio-oekonomische Panel (SOEP).
Von Februar 2002 bis Januar 2008 war Gert Wagner Mitglied des vom Bundespräsidenten ernannten Wissenschaftsrates, der die Bundesregierung und die Bundesländer zu Fragen der Entwicklung der Hochschulen, der Wissenschaft und der Forschung sowie des Hochschulbaus berät. Er war außerdem Mitglied der Rürup-Kommission.
Von 2004 bis 2010 war Wagner Vorsitzender der „Kammer für Soziale Ordnung“ der Evangelischen Kirche in Deutschland (ehrenamtlich). Er gehörte außerdem der Enquete-Kommission „Wachstum, Wohlstand, Lebensqualität“ des Deutschen Bundestages an.[2]
Nach dem Rücktritt von Klaus F. Zimmermann wurde er am 11. Februar 2011 in den Vorstand des Deutschen Instituts für Wirtschaftsforschung berufen, dessen Vorstandsvorsitzender („Präsident“) er bis zum Abschluss der Evaluation des Instituts im Januar 2013 war.[3]
Im April 2011 war er einer der Empfänger der Negativauszeichnung Big Brother Awards für 2010. Kritisiert wurde er als Vorsitzender der Zensuskommission der Bundesregierung stellvertretend für alle Beteiligten am Zensus 2011, der in das Recht auf informationelle Selbstbestimmung eingreife. Wagner war der einzige der mit dem „Big Brother Award“ Ausgezeichneten, der persönlich bei der Verleihung erschien.[4]
Wagner sah in der christlichen Religion einen Auftrag zur Lösung sozialer Probleme.[5]
Privates
Wagner heiratete 1988. Er hatte zwei Kinder. Gert Georg Wagner verstarb am 28. Januar 2024 im Alter von 71 Jahren.