Die Gauliga Berlin-Brandenburg 1938/39 war die sechste Spielzeit der Gauliga Berlin-Brandenburg im Fußball. Am Saisonende sicherte sich überraschend der Aufsteiger Blau-Weiß 90 zum ersten Mal den Meistertitel vor den punktgleichen Herthanern, die zwar das direkte Duell gegen Blau-Weiß für sich entscheiden konnten, jedoch am Ende das schlechtere Torverhältnis aufwiesen. In der Endrunde um die deutsche Meisterschaft hatte Blau-Weiß 90 dann allerdings kaum eine Chance und schied bereits nach der Gruppenphase aus.
Wacker 04 Tegel und der CSC/Friesen Cottbus verpassten den Klassenerhalt.
← 1933/34 | 1934/35 | 1935/36 | 1936/37 | 1937/38 | 1938/39 | 1939/40 | 1940/41 | 1941/42 | 1942/43 | 1943/44 | 1944/45