In diesem Krieg hatte Österreich, inspiriert von Vorgängen in Spanien, versucht, Volksaufstände in Deutschland und Italien gegen die französische Vorherrschaft herbeizuführen und zugleich ein Bündnis mit Russland und Preußen angestrebt, um die Resultate des Friedensschlusses von Pressburg rückgängig zu machen. Die Hoffnungen zerschlugen sich sämtlich. Auch der AufstandAndreas Hofers gegen die bayerischen Besatzer wurde nach anfänglichen Erfolgen schließlich völlig niedergeschlagen.
Der Feldzug auf dem Hauptkriegsschauplatz Süddeutschland verlief unglücklich. Schon im Mai besetzte Napoleon Wien. Er wurde zwar kurz darauf in der Schlacht bei Aspern besiegt, bezwang die Österreicher aber am 5./6. Juli 1809 in der entscheidenden Schlacht bei Wagram. Der Znaimer Waffenstillstand beendete die Kampfhandlungen am 12. Juli 1809 und gab Tirol preis. Der hauptverantwortliche Minister Stadion wurde durch Metternich abgelöst.
Kaisertum Österreich mit den Territorialverlusten nach dem Frieden von Schönbrunn.
Insgesamt hatte Österreich rund 100.000 km² mit etwa 3.500.000 Einwohnern abzutreten. 85 Millionen Francs Kriegskontribution waren an Frankreich zu zahlen. Das Land musste sich der anti-britischen Kontinentalsperre anschließen und sein Heer auf 150.000 Mann reduzieren. Die Festung auf dem Grazer Schloßberg, die Hackher zu Hart verteidigt hatte, war zu schleifen.
Aber auch nach diesem Gebietsverlust war Österreich mit rund 600.000 km² und über 24 Millionen Einwohnern eine Großmacht. Folgen des mit dem Friedensschluss verbundenen außenpolitischen Kurswechsels durch Metternich waren die Ehe Napoléons mit der österreichischen Kaisertochter Marie-Louise und ein Militärbündnis, das Österreich dazu zwang, am Russlandfeldzug 1812 teilzunehmen.