Franz Pfeffer (* 14. Juli 1901 in Mauthausen; † 25. April 1966 in Linz) war ein österreichischer Historiker, Kulturarbeiter und Journalist.
Pfeffer begann nach der Matura am Linzer Akademischen Gymnasium ein philosophisches Studium in Wien (Germanistik/Geschichte), welches er mit dem Titel Doktor phil. abschloss.[1] Zunächst wurde er Journalist in Linz. Nach dem Anschluss Österreichs an das Deutsche Reich im Jahr 1938 trat Pfeffer 1941 als Kulturarbeiter in das Amt des Reichsstatthalters ein.[1] Nach 1945 wurde er in dieser Funktion bruchlos weiterverwendet. 1946 gründete er das Institut für Landeskunde von Oberösterreich.[1] Von 1947 bis 1952 war er mit der Leitung des OÖ. Landesmuseums betraut.[1] Trotz seiner historischen Verdienste wurden ihm nur wenige Ehrungen zuteil.[1]
Im Jahr 1966 starb er plötzlich während der Herausgabe des Atlas von Oberösterreich.