Der European Challenge Cup 2003/04 war die achte Ausgabe des European Challenge Cup, des zweitrangigen europäischen Pokalwettbewerbs im Rugby Union. Es waren 28 Mannschaften aus sechs Ländern beteiligt. Der Wettbewerb begann am 5. Dezember 2003, das Finale fand am 22. Mai 2004 im Madejski Stadium in Reading statt. Den Titel gewann das englische Team Harlequins.
Alle Mannschaften der englischen Zurich Premiership, der französischen Top 14, der internationalen Magners League und der italienischen Super 10, die sich nicht für den Heineken Cup qualifiziert hatten, nahmen am European Challenge Cup teil. Hinzu kamen zwei Mannschaften der spanischen División de Honor de Rugby.
Wie in der Austragung zuvor wurde der Wettbewerb im K.-o.-Format ausgetragen. Die Mannschaften trafen in einem Heim- und einem Auswärtsspiel gegeneinander an, wobei das Team mit dem besseren Gesamtergebnis in die nächste Runde einzog. Das Finale umfasste ein einziges Entscheidungsspiel.
Die zwei besten Verlierer, US Montauban und AS Béziers, kamen ebenfalls eine Runde weiter.
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