1880 hatte Epagnier 65 Einwohner. 1888 fusionierte die vormals selbstständige politische Gemeinde mit Marin zur Gemeinde Marin-Epagnier, welches per 2009 mit Thielle-Wavre zur heutigen Gemeinde La Tène fusionierte. Im Rahmen einer Grenzverlegung im Anschluss der Zihlkorrektur ging der zu Epagnier gehörende Weiler Rothaus (französischMaison-Rouge) 1894 an Gampelen über.
Der frühere deutsche Name Späniz wird heute nicht mehr verwendet.