Bei den Kongresswahlen des Jahres 1992 wurde Eddie Johnson im damals neu geschaffenen 30. Kongresswahlbezirk von Texas in das Repräsentantenhaus der Vereinigten Staaten gewählt, wo sie am 3. Januar 1993 ihr neues Mandat antrat. Sie besiegte Lucy Cain von der Republikanischen Partei und Ken Ashby von der Libertarian Party mit 71,5 % der Stimmen. Sie wurde stets mit mehr als 54 % der Stimmen wiedergewählt. Ihr bestes Ergebnis erzielte sie bei den Wahlen 2004 mit 93 % als nur John Davis von der Libertarian Party gegen sie kandidierte, das schlechteste Wiederwahlergebnis hatte sie im Jahr 1996 mit 54,6 Prozent der Stimmen. In dieser Wahl traten gleich zwei Republikaner und auch zwei weitere Demokraten sowie drei unabhängige Kandidaten gegen sie an.[5]
Nach dem Tod von Don Young war sie die älteste Abgeordnete im Repräsentantenhaus des 117. Kongresses.[6]
Eddie Johnson leugnete den Völkermord an den Armeniern. Im Rahmen des Dokumentarfilms Architects of Denial (2017) von Dean Cain wurde Johnson gefragt, ob sie leugne, dass der Völkermord an den Armeniern passiert ist, woraufhin sie mit „Ich leugne es“ antwortete.[8][9]