Daphne Rubin-Vega wuchs als Tochter eines Holzfällers und einer Krankenschwester in Panama-Stadt auf.[1] Ihr Stiefvater Leonard Rubin ist Drehbuchautor. Mit zwei Jahren kam Rubin-Vega in die Vereinigten Staaten. Ihre Mutter starb, als Rubin-Vega gerade einmal zehn Jahre alt war.[2]
Mit ihrem musikalischen Talent gelang es ihr eine Rolle als Mimi in dem MusicalRent, einer zeitgenössischen Adaption von La Bohème zu erlangen, die ihren Durchbruch markierte. Beim Vorsprechen versuchte sie sich an Roxanne von The Police.[3] Für die Rolle wurde sie für einen Tony nominiert und erhielt einen Theatre World Award.[4] An der Filmadaption konnte sie nicht teilnehmen, da sie zu diesem Zeitpunkt schwanger war, weshalb Rosario Dawson die Rolle übernahm.[5][6]
2010 durfte sie ihre Broadway-Rolle Lucy in der Filmadaption Jack in Love von Philip Seymour Hoffman wiederholen. Außerdem war sie in den beiden Fernsehserien Hustling (2011–2014) und Smash (2013) zu sehen.
Ende der 1980er war sie Leadsängerin der Girlgroup Pajama Party, die 1989 und 1990 drei Song in den US-Billboard-Charts hatte.[9] Für David Bowie steuerte sie bei dem Soundtrack für Die Reise ins Labyrinth (1986) Background-Vocals bei. Nach dem Ende von Pajama Party versuchte sie sich als Solokünstlerin zu etablieren und veröffentlichte mehrere Dance-Singles. 1996 war sie mit dem Song I Found It in den Hot Dance Music/Club Play-Charts erfolgreich.[10]
1999 nahm sie das Album Souvenirs für das Label Mercury Records auf, das jedoch nie erschien, da Rubin-Vega wie viele Künstler von Mercury nach der Fusion von Polygram und Universal Records entlassen wurde. Allerdings beharrte das Label auch auf seinen Rechten und versagte der Künstlerin, die Songs neu aufnehmen zu lassen. Sie erhielt eine Abfindung in Höhe von etwa 325.000 US-Dollar. Sie verteilte die nicht genutzten Promo-CDs dann an Besucher der Rocky Horror Show am Broadway und ermutigte diese, das Album zu leaken.[11] Später wurde das Album für die Charity-Veranstaltung Broadway Cares genutzt.[12]