Cugand-la-Bernardière ist die nördlichste Gemeinde des Départements Vendée an der Grenze zum benachbarten Département Loire-Atlantique, etwa 46 Kilometer nordnordwestlich von La Roche-sur-Yon und etwa 29 Kilometer südöstlich von Nantes. Sie liegt in der Région naturelleBocage vendéen im Einzugsgebiet der Loire. Das Gemeindegebiet wird vom Flüsschen Maingot entwässert, ein Zufluss der Sèvre Nantaise, die die Gemeinde im Nordosten begrenzt. Außerdem durchquert der zeitweise trockenfallende Ruisseau de la Margerie das Gemeindegebiet von Südost nach Nordwest.
Das Zentrum befindet sich auf einer Höhe von etwa 45 m. Das Bodenrelief ist relativ flach mit einer maximalen Erhebung von 76 m im Südwesten und einer minimalen Höhe von 12 m im Norden beim Austritt der Sèvre Nantaise aus dem Gemeindegebiet.
Teile des Gebiets von Cugand-la-Bernardière gehören zu den vier ZNIEFF-Naturzonen „Vallèe de la Sèvre Nantaise de Nantes à Clisson“ (520013077), „Le Mont Gallien“ (520616287), „Vallèe de la Sèvre Nantaise de Cugand à Tiffauges“ (520616315) und „Prairie á orchidées de la Barnadière“ (520616302).[2][3]
Die Departementsstraße D 763, die ehemalige Route nationale 763 von Ancenis-Saint-Géréon im Département Loire-Atlantique nach Bellevigny, durchquert die Gemeinde von Nord nach Süd und verbindet sie mit dem nur etwa drei Kilometer entfernten Clisson. Die Departementsstraße D 755, die ehemalige Route nationale 755 hat ihren Anfang in Cugand und führt in südöstlicher Richtung nach Sèvremont. Nachgeordnete Departementsstraßen und lokale Landstraßen verbinden die beiden Ortsteile der Gemeinde miteinander und mit Nachbargemeinden.
Die Gemeinde besitzt in Cugand einen Haltepunkt an der Eisenbahnstrecke Nantes–Colet. Züge einer Linie des TER Pays de la Loire verbinden Cugand-la-Bernardière mit den beiden Städten.[7]