Nach einer Hospitation bei der Bayerischen Staatsgemäldesammlung war er anschließend als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Max Beckmann Archiv tätig. Von 1989 bis 1993 setzte er sein Studium im Rahmen des Promotionsstudiums an der Universität des Saarlandes fort. Im Juni 1993 wurde er mit einer Studie über Farbe und Metapher. Die Entstehung einer neuzeitlichen Bildmetaphorik in der vorrömischen Malerei Raphaelspromoviert. 1994 wurde seine Dissertation mit dem Dr.-Eduard-Martin-Preis ausgezeichnet.[2]
Seit Oktober 2007 ist er Inhaber des Lehrstuhls für Kunstgeschichte an der Universität Regensburg und Direktor des Instituts für Kunstgeschichte. 2008 war er als Directeur d’études an der École pratique des Hautes Études in Paris,[4] 2010 als Gastprofessor an der Graduate School, Institute of Advanced Study in the Humanities and the Social Sciences in Bern und 2012 in Mexiko am Instituto de Investigaciones Estéticas, UNAM tätig. Seit 2008 ist er an der Universität Regensburg Sprecher des von ihm mitbegründeten transdisziplinären Themenverbundes Sehen und Verstehen mit 40 beteiligten Professuren. 2008 bis 2016 beteiligte er sich am Elitenetzwerk Bayern.[5] 2009 begründete er das internationale Promotionskolleg „AISTHESIS“, in Kooperation mit Kollegen der Universitäten Bern, Wien sowie der Staatlichen Akademie der Bildenden Künste in Stuttgart. Wagner ist seit 2009 gewähltes Mitglied der Academia Europaea.[6] 2011 bis 2013 war er Dekan der Fakultät für Philosophie, Kunst-, Geschichts- und Gesellschaftswissenschaften.[3] Von Oktober 2013 bis September 2017 war Wagner als Vizepräsident der Universität Regensburg tätig.[7]
Farbe und Metapher: Die Entstehung einer neuzeitlichen Bildmetaphorik in der vorrömischen Malerei Raphaels. Berlin 1999, ISBN 3-7861-1761-6 (Buchfassung der Dissertation).
Der beschleunigte Blick: Hann Trier und das prozessuale Bild. Berlin 1999, ISBN 3-7861-2331-4.
Als Herausgeber und Autor: Das Bauhaus und die Esoterik: Johannes Itten, Paul Klee, Wassily Kandinsky. Bielefeld 2005, ISBN 3-938025-39-5.
Als Herausgeber und Autor: Esoterik am Bauhaus: Eine Revision der Moderne? Regensburg 2009 (Regensburger Studien zur Kunstgeschichte; Bd. 1), ISBN 978-3-7954-2093-2.
Mit Ulrich Nortmann als Herausgeber: In Bildern denken? Kognitive Potentiale von Visualisierung in Kunst und Wissenschaft:Internationales wissenschaftliches Symposium, Alfried-Krupp-Wissenschaftskolleg in Greifswald. München 2010 (evidentia; Bd. 1), ISBN 978-3-7705-4896-5.
Mit Jakob Steinbrenner und Oliver Jehle als Herausgeber: FARBEN in Kunst- und Geisteswissenschaften (Regensburger Studien zur Kunstgeschichte; Bd. 9). Regensburg 2011, ISBN 978-3-7954-2243-1.
Mit Udo Hebel als Herausgeber: Pictorial Cultures and Political Iconographies: Approaches, Perspectives, Case Studies from Europe and America. Berlin 2011, ISBN 978-3-11-023785-6.
Mit Christoph Dohmen als Herausgeber: Religion als Bild – Bild als Religion (Regensburger Studien zur Kunstgeschichte; Bd. 15). Regensburg 2012, ISBN 978-3-7954-2546-3.
Mit Oliver Jehle als Herausgeber: Albrecht Altdorfer. Kunst als zweite Natur (Regensburger Studien zur Kunstgeschichte; Bd. 17). Regensburg 2012, ISBN 978-3-7954-2619-4.
Als Herausgeber und Autor: Die Befreiungshalle Kelheim. Geschichte, Mythos, Gegenwart (Regensburger Studien zur Kunstgeschichte; Bd. 18). Regensburg 2012, ISBN 978-3-7954-2617-0.
Mit Mark W. Greenlee, Rainer Hammwöhner, Bernd Körber, Christian Wolff als Herausgeber: Bilder Sehen. Perspektiven der Bildwissenschaft (Regensburger Studien zur Kunstgeschichte; Bd. 10). Regensburg 2013, ISBN 978-3-7954-2242-4.
Mit Mark W. Greenlee und Christian Wolff als Herausgeber: »Aisthesis«. Wahrnehmungsprozesse und Visualisierungsformen in Kunst und Technik (Regensburger Studien zur Kunstgeschichte; Bd. 12). Regensburg 2013, ISBN 978-3-7954-2241-7.
Als Herausgeber und Autor: Georg Jakob Best: Klee-Schüler, »Entarteter Künstler«, Maler des Informel (Regensburger Studien zur Kunstgeschichte; Bd. 24). Regensburg 2015, ISBN 978-3-7954-3001-6.
Mit Monika Melters als Herausgeber: Die Quadratur des Raumes. Bildmedien der Architektur in Neuzeit und Moderne (= Zoom. Perspektiven der Moderne. Bd. 3). Gebr. Mann, Berlin 2017, ISBN 978-3-7861-2719-2.
Mit Dominic E. Delarue als Herausgeber: Michael Ostendorfer und die Reformation in Regensburg (Regensburger Studien zur Kunstgeschichte; Bd. 27). Regensburg 2017, ISBN 978-3-7954-3224-9.
Mit Christiane Heuwinkel als Herausgeber: Hermann Stenner (Junge Kunst; Bd. 32). München 2019, ISBN 978-3-943616-68-2.
Als Herausgeber einer eigenen Wissenschaftsreihe:
Regensburger Studien zur Kunstgeschichte. Schnell & Steiner Verlag, Regensburg 2008 bis heute.
evidentia. Fink Verlag, München/Paderborn 2010 bis heute.
Zoom. Perspektiven der Moderne. Gebr. Mann Verlag, Berlin seit 2014 bis heute.
Mit Nils Büttner als Herausgeber von 2/2013–4/2019, mit Birgit Ulrike Münch seit 1/2020: Journal für Kunstgeschichte / Journal of Art History: Die internationale Rezensionszeitschrift / The International Periodical of Reviews.
↑Kürschners Deutscher Gelehrten-Kalender. 30. Ausgabe (2018), Bd. 4, S. 3950f.
↑Universitätsgesellschaft des Saarlandes e. V.: Preisträger 1992/1993. In: Universität des Saarlandes. Archiviert vom Original am 20. Juli 2020; abgerufen am 20. Juli 2020.
↑ abcInstitut für Kunstgeschichte: Prof. Dr. Christoph Wagner. In: Institut für Kunstgeschichte. Institut für Kunstgeschichte Universität Regensburg, 11. Februar 2020, abgerufen am 17. März 2020.
↑Professeurs invités durant l’année 2007-2008. In: École pratique des hautes études. Section des sciences historiques et philologiques (Hrsg.): Annuaire de l'École pratique des hautes études (EPHE), Section des sciences historiques et philologiques. Nr.140, 2009, ISSN0766-0677, S.XV-XVI.