Bourbaki widmete sich der Reorganisation der Nordarmee, was Differenzen mit Léon Gambetta auslöste. Er wurde am 19. November abberufen und übernahm den rechten Flügel der Loirearmee. Am 8. Dezember wurde er mit der Bildung einer Ost-Armee respektive Armée de l’Est oder auch „Bourbakiarmee“ beauftragt, um mit ihr die Festung Belfort zu entsetzen, das Elsass wieder zu nehmen und die Verbindungen des deutschen Heeres zwischen Paris und dem Rhein zu unterbrechen. Nach dem Gefecht bei Villersexel und der verlorenen dreitägigen Schlacht an der Lisaine gegen das von General August von Werder geführte XIV. Armee-Korps trat Bourbaki den Rückzug auf Besançon an. Schon am 25. Januar 1871 war es den Deutschen gelungen, ihm den Rückweg westlich und südwestlich von Besançon zu verlegen und die Eisenbahnverbindungen nach Lyon abzuschneiden. Infolgedessen fasste Bourbaki den Entschluss, auf das linke Doubsufer zu gehen und dann auf Pontarlier zu marschieren, um von dort aus entlang der schweizerischen Grenze in südwestlicher Richtung zu entkommen. Durch die Niederlage demoralisiert, ohne Verpflegung bei harten winterlichen Bedingungen und im Gebirge bei Eis und Schnee von den Gegnern unter von Werder gehetzt, befanden sich die Truppen in trostlosem Zustand. In Verzweiflung versuchte Bourbaki, sich am 26. Januar das Leben zu nehmen.
General Clinchant übernahm die Truppen und musste unter großen Verlusten seine Zuflucht in der Schweiz suchen. Die Armee gelangte zwischen dem 1. und 3. Februar mit 87.000 Mann in die Schweiz und wurde für sechs Wochen interniert. Vom Übertritt in die Schweiz nach dem Vertrag von Les Verrières zeugt heute noch das Bourbaki-Panorama in Luzern. Auch Bourbaki wurde in die Schweiz gebracht und übernahm nach seiner Genesung im Juli 1871 das VIe corps d'armée (6. Armeekorps), 1873 das XIVe corps d'armée sowie das Gouvernement von Lyon.
1881 schied Bourbaki aus dem aktiven Dienst aus. Er starb am 22. September 1897 in Cambo bei Bayonne.
Literatur
Louis d'Eichthal: Le général Bourbaki, par un de ses anciens officiers d’ordonnance. E. Plon, Nourrit et cie, Paris 1885, OCLC 12526525.
G. de Corlay: Le général Bourbaki, 1816–1897. C. Paillart, Abbeville 1900, OCLC 23425910.
