1991 wurde er stellvertretender Direktor des bei der Königlich Schwedischen Akademie der Wissenschaften angesiedelten Beijer International Institute of Ecological Economics. Nach einem Aufenthalt als Postdoc an der Boston University im Jahr 1991 wurde er 1994 zudem Dozent an der Universität Stockholm. 1997 wurde er dort zum Professor ernannt und erhielt den Lehrstuhl für Management natürlicher Ressourcen in der Abteilung für Systemökologie. Von 1999 bis 2006 war er an der Universität Stockholm Direktor des Zentrums für transdisziplinäre Umweltforschung. Im Jahr 2007 wurde er Direktor des Beijer Institute und zugleich Wissenschaftlicher Direktor des Stockholm Resilience Centre, einer gemeinsam von der Universität Stockholm und dem Beijer Institut betriebenen Forschungseinrichtung. Hierfür wurde er von der Professur freigestellt. 2017 wurde Folke in die National Academy of Sciences gewählt. Für 2022 wurde ihm der A.H.-Heineken-Preis für Umweltwissenschaften zugesprochen.
Folke ist Autor bzw. Herausgeber von 12 Büchern und hat mehr als 200 Aufsätze in Fachzeitschriften publiziert, darunter 15 Paper in Nature bzw. Science.
Bücher
Chapin, Kofinas, Folke (Hrsg.), Principles of Natural Resource Stewardship: Resilience-Based Management in a Changing World, Springer 2009, ISBN 978-0-387-73032-5.
Berkes, Colding, Folke (Hrsg.), Navigating Social-Ecological Systems: Building Resilience for Complexity and Change. Cambridge University Press 2003, ISBN 978-0-521-06184-1.
Berkes, Folke (Hrsg.), Linking Social and Ecological Systems: Management Practices and Social Mechanisms for Building Resilience. Cambridge University Press 1998, ISBN 978-0-521-78562-4.
Andersson, Folke, Nyström, Trading with the Environment: Ecology, Economics, Institutions, and Policy Earthscan 1995, ISBN 978-1-84407-960-5.
Will Steffen et al., Planetary boundaries: Guiding human development on a changing planet. In: Science 347, No. 6223, (2015), doi:10.1126/science.1259855.
Hughes et al., Climate Change, Human Impacts, and the Resilience of Coral Reefs. In: Science 301, No. 5635, (2003), 929–933, doi:10.1126/science.1085046.
Folke et al., Resilience and Sustainable Development: Building Adaptive Capacity in a World of Transformations. In: Ambio 31, Issue 5, (2002), 437–440, doi:10.1579/0044-7447-31.5.437.
Scheffer et al., Catastrophic shifts in ecosystems. In: Nature 413, (2001), 591–596, doi:10.1038/35098000.