Am 13. Mai 1913 wurde die Apostolische Präfektur Bahr al-Ghazal gegründet und aus dem Apostolischen Vikariat Zentralafrika herausgetrennt. Sie wurde am 13. Juni 1917 zum Apostolischen Vikariat erhoben und spaltete sich bis 1955 in zahlreiche neu errichtete Apostolische Präfekturen und Apostolische Vikariate. Am 26. Mai 1961 wurde das Apostolische Vikariat Bahr al-Ghazal in Wau umbenannt und 1974 zur Diözese erhoben.
2002 gab es im Bistum Wau insgesamt 17 Pfarreien.
Nur zu den 15 Pfarreien im Jahre 2000 gibt es weitere Informationen. In folgenden Orten bestanden die Sitze der 15 Pfarreien (Stand: 2000):