Der katholische Priester Daniele Comboni (1831–1881) lebte als Missionar in Shambe, etwa 100 km östlich von Rumbek und begann mit der Missionsarbeit in Zentralafrika. 1877 wurde er Bischof der sudanesischen Stadt Khartum. Während des Mahdi-Aufstandes (1881–1899) wurden alle christlichen Missionare des Landes verwiesen. Nachdem die Briten 1899 die Kontrolle über den Sudan bekommen hatten, teilten sie den Sudan in konfessionelle Gebiete auf. Die Missionsarbeit begann erneut. Fast der gesamte heutige Südsudan wurde den Anglikanern zugeschlagen, wenngleich wieder eine katholische Mission in einigen Städten stattfand: In Thiet ab 1949, in Rumbek ab 1951 und in Tonj ab 1953, die im Apostolischen VikariatBahr al-Ghazal lagen.
1964 wurden alle ausländischen Missionare durch die Militärregierung ausgewiesen. Viele Geistliche flohen in die Nachbarländer. 1965 wurde der Generalvikar Fr. Arkangelo Ali in Rumbek ermordet. Danach verließen auch die übrigen Geistlichen, den Apostolischen Administrator in Rumbek Lino Toboi eingeschlossen, das Land. 1974 wurden im gesamten Sudan Bistümer eingeführt, sodass am 12. Dezember 1974 das Apostolische Vikariat Rumbek zur Diözese erhoben wurde. Nur ein einziger katholischer Priester lebte von 1974 bis 1981 im Bistum Rumbek. Geleitet wurde das Bistum aus dem benachbarten Wau.
Ab 1991 konnte in einigen Teilen des Bistums der Wiederaufbau nach langem Bürgerkrieg beginnen. In dieser Zeit entstanden Missionen in den Städten Mapuordit, Marial Lou und Agangrial, die abseits der großen Straßen lagen und in die viele Flüchtlinge gekommen waren. 1997 konnte Bischof Cesare Mazzolari in die völlig zerstörte Stadt Rumbek zurückkehren. In der Folgezeit konnten zahlreiche Missionen wiedereröffnet werden. 2011 erlangte der Südsudan seine Unabhängigkeit, eine Woche danach starb Bischof Mazzolari. Seitdem wird das Bistum von Fernando Colombo als Diözesanadministrator geleitet.[1]
Im Bistum Rumbek bestehen insgesamt elf Pfarreien.[2] Neben den Pfarrkirchen wurden und werden zahlreiche Außenstationen und Prayer Centres errichtet.
Rumbek, Pfarrei Holy Family (seit etwa 1955) mit Außenstationen in Adhol, Nyinkot, Aber, Pantit, Ababu und Langcok.
Filialkirche in Pacong (seit 2012) mit Außenstationen in Malengagok, Pan Bar, Kou, Amer, Pacon Centre und Pan Awac.
Rumbek, Pfarrei Sacred Heart (seit 1983) mit Außenstationen in Malou, Meen Atool und Malith.
Rumbek, Pfarrei St. Theresa of the Child Jesus (seit 2005) mit Außenstationen in Maper und Alor sowie der Holy Cross Kapelle in der Rumbek Secondary School.
Warrap, Pfarrei St. Daniel Comboni Parish (seit 1954) mit Außenstationen in Warrap, Awul Chapel, Apor Lang, Pagarelit, Rum Gir, Lurchuk, Pagol, Rumathony, Mabiordit, Kirik, Majok, Agany, Lorabeit, Aliek, Pantnei, Lual, Makok, Kuany, Warpach, Majangtitr, Pankot, Manlor, Farasika und Alabek.
Marial Lou, Pfarrei St. Daniel Comboni (seit 1994) mit Außenstationen in Ngapagok, Palal, Achuat, Akuop, Langkap, Kiriit, Majak und Athiangpuol sowie Prayer Centres in Panther, Alerwai, Magooll und Parieng.
Filialkirche in Romic (seit 2011) mit 16 Prayer Centres in Aliang, Panhial, Paweng, Pagur, Pautakou, Makuach, Unlit, Ngapaguk, Kachuat, Mapara, Unchuei, Palal, Tuerangot, Carayika, Mayen Adoor und Abiok.
Tonj, Pfarrei Don Bosco (seit 1953) mit 27 Außenstationen.
Agangrial, Pfarrei Mary Mother of God (seit 1995) mit Filialkirchen in Cuiebet und Barghel
