Das Bistum San Juan Bautista de las Misiones (lat.: Dioecesis Sancti Ioannis Baptistae a Missionibus, span.: Diócesis de San Juan Bautista de las Misiones) ist eine in Paraguay gelegene römisch-katholische Diözese mit Sitz in San Juan Bautista.
Das Bistum San Juan Bautista de las Misiones wurde am 19. Januar 1957 durch Papst Pius XII. aus Gebietsabtretungen des Erzbistums Asunción und des Bistums Villarrica errichtet. Es wurde dem Erzbistum Asunción als Suffraganbistum unterstellt.
Erzbistum: Asunción
Bistümer: Benjamín Aceval | Caacupé | Caazapá | Canindeyú | Carapeguá | Ciudad del Este | Concepción | Coronel Oviedo | Encarnación | San Juan Bautista de las Misiones | San Lorenzo | San Pedro | Villarrica del Espíritu Santo
Andere Jurisdiktionen: Militärordinariat von Paraguay | Apostolisches Vikariat Chaco Paraguayo | Apostolisches Vikariat Pilcomayo