Mit der Ausbildung zum Marineoffizier[1] begann Heise 1962 seine militärische Karriere. Zunächst wurde er als Leutnant zur See in der Ausbildung von Offizieranwärtern der Marine auf dem Schulschiff Deutschland und als Kompanieoffizier bei einem (Marine-)Fernmeldebataillon eingesetzt. Mit der Beförderung zum Oberleutnant zur See begann er 1968 eine Ausbildung im Logistik- und Transportdienst der Marine, die zunächst in eine Verwendung als Inspektionschef an der Technischen Marineschule in Kiel mündete. Es folgte ein Einsatz als Schiffsversorgungsoffizier des VersorgungsschiffesOffenburg, während derer er am 1. Oktober 1970 zum Kapitänleutnant befördert wurde. Es schlossen sich eine Verwendung als Kompaniechef in einem Amphibischen Transport- und Umschlagbataillon sowie eine Ausbildung am US Naval War College (Naval Staff Course) an.
1993 übernahm er, zum Flottillenadmiral befördert, die Aufgabe des Stellvertreters des Befehlshabers und Chef des Stabes im Territorialkommando Schleswig-Holstein in Kiel sowie nach Umgliederung zum Wehrbereichskommando I/6. Panzergrenadierdivision die des Stellvertreters des Befehlshabers und wurde Kommandeur der Wehrbereichstruppen. Im Juli 1995 kehrte er als Stabsabteilungsleiter (Fü M II) Logistik und Rüstung in den Führungsstab der Marine im Bundesministerium der Verteidigung (BMVg) zurück, wo er unter Beförderung zum Konteradmiral am 1. April 1997 den Stellvertreter des Inspekteurs der Marine und Chef des Führungsstabes ablöste.
Mit seiner Ernennung zum Vizeadmiral wurde Heise am 1. Oktober 2000 der erste Inspekteur der Streitkräftebasis und steuerte verantwortlich den Aufbau dieses neuen Militärischen Organisationsbereichs der Bundeswehr. Mit der Fusionierung seines Stabes mit dem Führungsstab der Streitkräfte wurde Heise im Sommer 2003 Stellvertreter des Generalinspekteurs der Bundeswehr und Inspekteur der Streitkräftebasis. Mit Vollendung seines 61. Lebensjahres trat er planmäßig in den Ruhestand. Anschließend war er ab März 2004 Vorsitzender des Vorstandes der Evangelischen Arbeitsgemeinschaft für Soldatenbetreuung.[2]
Bernd Heise ist verheiratet mit Christel Heise und hat zwei Kinder.
Dermot Bradley, Heinz-Peter Würzenthal, Hansgeorg Model: Die Generale und Admirale der Bundeswehr 1955–1997 – Die militärischen Werdegänge (= Dermot Bradley [Hrsg.]: Deutschlands Generale und Admirale. Teil VIb). Band2, Teilband 1, Gaedcke – Hoff. Biblio-Verlag, Osnabrück 2000, ISBN 3-7648-2562-6, S.291–292.
