Die Bahngesellschaft entstand durch Vertrag vom 22. September 1995 zum 1. Januar 1996 aus dem Zusammenschluss der Atchison, Topeka and Santa Fe Railway und der Burlington Northern Railroad. Das Unternehmen befährt eines der größten Streckennetze in den USA mit einer Streckenlänge von ca. 51.500 km, wovon 37.000 km auf eigenen Besitz und der Rest auf Streckennutzungsrechte entfallen. Insgesamt unterhält die BNSF mit Nebengleisen, zweitem oder dritten Streckengleis und Bahnhofsanlagen rund 80.500 km Gleise. Mit 8.000 Lokomotiven und 77.000 Güterwagen wurden 2015 10,2 Millionen Wagenladungen transportiert und ein Umsatz von über 21 Milliarden Dollar erzielt. Der Betriebsgewinn lag bei 4,9 Milliarden Dollar.[2]
Am 24. Januar 2005 wurde der Name der Eisenbahngesellschaft von The Burlington Northern and Santa Fe Railway zum heutigen Namen geändert. Im April 2007 hat das Holdingunternehmen Berkshire Hathaway 3,2 Milliarden US-Dollar (2,4 Mrd. Euro) für eine Beteiligung an Burlington von mehr als 10 Prozent gezahlt. Am 12. Februar 2010 wurde die komplette Übernahme der Gesellschaft durch Berkshire Hathaway abgeschlossen.[3]
Sitz des Unternehmens sowie der Muttergesellschaft Burlington Northern Santa Fe LLC ist im Norden von Fort Worth. Auf dem 155 Hektar großen Gelände befinden sich neben mehreren Bürogebäuden für alle Abteilungen (Marketing) des Unternehmens auch das 1,85 Hektar große Network Operation Center.[5] Das NOC überwacht den Verkehr auf dem gesamten Streckennetz der Bahngesellschaft.
Die Burlington Northern Incorporated hatte nach der Abspaltung der Burlington Ressources Inc. 1988 ihren Unternehmenssitz nach Fort Worth, an den Sitz der Bahngesellschaft Burlington Northern Railroad verlegt. Der Plan zum Bau einer zentralen Netzüberwachung ergab auch die Möglichkeit, die gesamte Unternehmensleitung an diesen Standort zu verlegen. Die Bauarbeiten auf dem teilweise erschlossenen und bebauten Gelände begannen 1990 und wurden 1998 abgeschlossen.[6] Nach der Fusion der Burlington Northern und der Santa Fe Pacific Corporation wurde entschieden, dass der Sitz des neuen Unternehmens Fort Worth wird. Insgesamt arbeiten rund 4000 Beschäftigte an diesem Unternehmensstandort.