Die Prinzessin wurde 1776 Dekanin in Quedlinburg und kurz darauf auch Dekanin in Gandersheim. Zwei Jahre später wurde sie nach dem Tod ihrer Tante Therese 1778 deren Nachfolgerin als Fürstäbtissin von Gandersheim, hielt sich aber häufig am Hof in Braunschweig auf.
1802 verzichtete Auguste Dorothea in einem Vertrag auf die Reichsunmittelbarkeit, um der drohenden Säkularisation zu entgehen, und unterstellte ihr Stift der Landeshoheit des Hauses Braunschweig-Wolfenbüttel. Auguste Dorothea war zunächst geflohen, durfte aber mit der Erlaubnis Napoléons weiter als Äbtissin im Stift fungieren und wohnen. Nach ihrem Tod wurde keine Nachfolgerin mehr gewählt, das Stift wurde dem Königreich Westphalen zugeordnet, durch König Jérôme aufgehoben und die Stiftsangehörigen entschädigt. Die letzte Dechantin Caroline Ulrike Amalie von Sachsen-Coburg-Saalfeld erhielt dabei unter anderem das „Gandersheimer Evangeliar“, welches sie mit nach Coburg nahm.
Martin Hoernes und Hedwig Röckelein (Hrsg.): Gandersheim und Essen. Vergleichende Untersuchungen zu sächsischen Frauenstiften, (Essener Forschungen zum Frauenstift, Band 4), Essen 2006
Christof Römer: Braunschweig-Bevern, Ein Fürstenhaus als europäische Dynastie 1667–1884, Braunschweig (1997)
Kurt Kronenberg: Äbtissinnen des Reichsstiftes Gandersheim 1981