Der Auer Bach entspringt auf 321 Meter ü. NN an der Flanke des Höhenzugs Lichtscheid (350 Meter ü. NN) unterhalb der Straße Buschland im Wohnquartier Lichtenplatz. Er fließt durch ein ausgeprägtes Kerbtal in Richtung Norden, erhält Zufluss von dem Brassiepen, unterquert verdolt die Sportplätze an der Oberbergischen Straße und fließt oberirdisch kanalisiert der Wohnbebauung in der Tallage des Wuppertals zu.
Verdolt unterquert der Auer Bach die Bahnstrecke Elberfeld–Dortmund und die Bundesstraße 7. Dazwischen ist er noch einmal kurz freigelegt und wird renaturiert über den Schulhof der Christian-Morgenstern-Schule an der Wittensteinstraße geführt. Nach ca. 2120 Metern mündet er auf 145 Meter ü. NN westlich der Völklinger Straße in die Wupper.