Antonius Thysius der Jüngere (* um 1603 in Harderwijk; † 25. Januar 1665 in Leiden) war ein niederländischer Rechtswissenschaftler, Historiker, Bibliothekar und Rhetoriker.
Der Sohn des Antonius Thysius der Ältere studierte in Leiden unter Daniel Heinsius, Marcus Zuerius Boxhorn und Constantinus L’Empereur van Oppyck die lateinische, griechische und hebräische Sprache. Anschließend wandte er sich einem Studium der Rechtswissenschaften zu und promovierte am 21. November 1634 zum Doktor beider Rechte. Am 9. Februar 1637 wurde er außerordentlicher Professor der Poesie mit Sonderrechten, man übertrug ihm am 21. November 1639 auch Vorlesungen an der juristischen Fakultät und am 9. Februar 1651 erhielt er die außerordentliche Professur der Rhetorik.
Nachdem er am 26. August 1653 Assistent an der Leidener Universitätsbibliothek geworden war, wurde er am 8. November 1653 ordentlicher Professor der Rhetorik und 1655 Bibliothekar der Universitätsbibliothek, in dieser Eigenschaft reorganisierte er die Bibliothek. 1658 erhielt er die ehrenvolle Berufung eines Histographen der Staaten von Holland und wurde, nachdem er auf seine Sonderrechte verzichtet hatte, am 12. November 1663 außerordentlicher Professor der Rechtswissenschaften. Zudem beteiligte er sich auch an den organisatorischen Aufgaben der Leidener Hochschule und war 1658/59 Rektor der Alma Mater.