Mogensen lernte bereits mit sechs Jahren Schlagzeug; mit zehn Jahren erhielt er auch klassischen Klavierunterricht. Nach der Hochschulreife 1989 studierte er zunächst ab 1990 am Berklee College of Music in Boston, um dann 1996 am Rytmisk Musikkonservatorium seinen Abschluss zu machen. Zusätzlich nahm er privaten Unterricht bei Alex Riel, Bob Moses, Billy Hart, Adam Nussbaum und weiteren Schlagzeugern.
Als außerordentlicher Professor für Schlagzeug und Ensemble leitete er seit 1998 den Jazzstudiengang am Fynske Musikkonservatorium/Carl Nielsen Academy of Music in Odense, das im Syddansk Musikkonservatorium aufging.